V současné době lze vědecký výzkum na Ústavu pro hydrodynamiku rozdělit na čtyři hlavní tematické okruhy: mechanika tekutin a tekutých soustavhydrologiereologie a úprava vody. Ačkoli to nemusí být na první pohled patrné, tyto obory se často prolínají a mají mnoho společného. Stručná charakteristika jednotlivých oborů a výzkumné zaměření vědeckých týmů jsou uvedeny níže.

MECHANIKA TEKUTIN A TEKUTÝCH SOUSTAV

Mechanika tekutin je částí fyziky zabývající se rovnováhou a pohybem tekutin a tekutých soustav za účinku vnějších i vnitřních sil. Základním rozdílem mezi tuhým tělesem a tekutinou je pohyblivost molekul.

REOLOGIE

Reologie se zabývá studiem toku a deformace materiálu. Reologické vlastnosti jednotlivých materiálů jsou dány především typem toku a jejich fyzikálně-chemickými vlastnosti. 

HYDROLOGIE

Hydrologie se zabývá zákonitostmi oběhu vody na Zemi. Předmětem hydrologického výzkumu je výskyt vody, její cirkulace, prostorové rozložení, fyzikální a chemické charakteristiky a její vztah k živým organismům. 

ÚPRAVA VODY

Úprava vody je technologické odvětví, jehož cílem je odstranění nežádoucích příměsí z vody. Nejčastějším způsobem je tvorba suspenze dávkováním a mícháním koagulačních činidel a následná separace suspenze sedimentací a/nebo filtrací.